特色研究中心
中醫藥研究中心
中國醫藥大學研究團隊在中醫針灸與中藥研發上已具有相當成就，在既有的教育部支持的頂尖「中醫藥研究中心」架構下，利用中國醫藥大學的中醫針灸與中藥研究基礎加上臨床治療經驗的優勢，結合全校頂尖團隊卓越的研究能力，利用多學科基礎與臨床的分工合作，共同開發對難以治癒的疾病之新穎或輔助醫療對策。
新藥開發研究中心
「新藥開發研究中心」以本校堅強的分子生物學研究為基礎，整合生物醫學研究所、新藥開發研究所、腫瘤醫學研究中心及幹細胞研究中心在新藥及細胞治療的研究動能而組成，主要目標是對於困難的疾病，探討致病之分子機制及訊息途徑，找出可用的標靶並開發適合的藥物。
藥癮與心智健康研究中心
藥癮與心智健康是當今舉世關注的醫療與社會問題。長久以來，成癮行為與精神疾患的治療進展有限，需要持續的努力與關注。「藥癮與心智健康研究中心」促成教育、醫療、社會安全網合作，推動臨床科學研究、醫學人才培育、善盡大學社會責任。